Kontrole podmiotów leczniczych przeprowadzane są na podstawie rocznego planu kontroli zatwierdzonego przez Wojewodę Pomorskiego (działalność kontrolna Wojewody Pomorskiego) lub doraźnie.

• Organ prowadzący rejestr jest uprawniony do kontroli podmiotów wykonujących działalność leczniczą w zakresie zgodności wykonywanej działalności leczniczej z przepisami określonymi w ustawie z dnia 15 kwietnia 2011r. o działalności leczniczej i z przepisami wydanymi na jej podstawie.
   
• Minister właściwy do spraw zdrowia może zlecić przeprowadzenie kontroli, o której mowa w art. 118 ww. ustawy.
   
• Kontrola jest przeprowadzana przez osoby upoważnione przez organ prowadzący rejestr (Wojewodę Pomorskiego) do wykonywania czynności kontrolnych. 

1. Osoby wykonujące czynności kontrolne, za okazaniem upoważnienia mają prawo do:
   a) żądania informacji i dokumentacji;
   b) oceny realizacji zadań określonych w regulaminie organizacyjnym lub statucie, w tym dostępności i jakości udzielanych świadczeń zdrowotnych;
   c) wstępu do pomieszczeń podmiotu wykonującego działalność leczniczą;
   d) udziału w czynnościach związanych z udzielaniem świadczeń zdrowotnych;
   e) wglądu do dokumentacji medycznej;
   f) żądania ustnych i pisemnych wyjaśnień.
2. Osobą uprawnioną do udzielania informacji jest kierownik podmiotu kontrolowanego lub osoba pisemnie przez niego upoważniona.
3. Z przeprowadzanych czynności kontrolnych sporządza się protokół.
4. Protokół podpisują osoby wykonujące czynności kontrolne oraz kierownik podmiotu wykonującego   działalność leczniczą.
5. Jeżeli po sporządzeniu protokołu, a przed jego podpisaniem kierownik podmiotu wykonującego działalność leczniczą zgłosi umotywowane zastrzeżenia co do faktów stwierdzonych w trakcie kontroli opisanych w protokole, osoby wykonujące czynności kontrolne są obowiązane zbadać dodatkowo te fakty i uzupełnić protokół.
6. Zgłoszenie zastrzeżeń, o których mowa w ust. 3, nie stanowi przeszkody do podpisania protokołu przez osoby wykonujące czynności kontrolne.
7. Protokół kontroli sporządza się w dwóch egzemplarzach, z których jeden egzemplarz przekazuje się kierownikowi podmiotu wykonującego działalność leczniczą.
8. Kierownik podmiotu wykonującego działalność leczniczą, w terminie 7 dni od dnia otrzymania protokołu, ma prawo do wniesienia zastrzeżeń co do sposobu przeprowadzenia czynności kontrolnych oraz ustaleń zawartych w protokole.
9. Organ prowadzący rejestr wydaje zalecenia pokontrolne, które sporządzane są jako osobny dokument po ustawowym terminie dającym prawo do wniesienia zastrzeżeń.

Na podstawie ustaleń zawartych w protokole organ prowadzący rejestr: 

1. wykreśla podmiot wykonujący działalność leczniczą - w przypadku stwierdzenia okoliczności, o których mowa w art. 108 ust. 2 pkt 1, 3 lub 4 ustawy z dnia 15 kwietnia 2011r. o działalności leczniczej ;
2. w innych przypadkach niż określone w pkt 1 wydaje zalecenia pokontrolne mające na celu usunięcie stwierdzonych nieprawidłowości i określa termin ich wykonania.

Wykaz dokumentów niezbędnych podczas kontroli:

1. KRS/wpis do Ewidencji Działalności Gospodarczej (CEiIDG); 
2. tytuł prawny do lokalu;
3. umowa ubezpieczenia podmiotów leczniczych (OC);
4. regulamin organizacyjny dla podmiotu leczniczego;
5. statut (w przypadku podmiotu leczniczego niebędącego przedsiębiorcą);
6. prawo wykonywania zawodu, dokumenty potwierdzające kwalifikacje zawodowe (lekarz, pielęgniarka, położna, ratownik medyczny, fizjoterapeuta)
   i in.;
7. orzeczenie/zaświadczenie lekarskie o spełnianiu przez personel medyczny wymagań zdrowotnych;
8. umowa na serwisowanie aparatury i sprzętu medycznego;
9. dokumenty potwierdzające stan techniczny aparatury i sprzętu medycznego (paszport techniczny, karta gwarancyjna, certyfikat, pozwolenie na użytkowanie);
10. decyzję właściwego Inspektora Sanitarnego dla pomieszczeń i urządzeń podmiotu wykonującego działalność leczniczą, potwierdzającą spełnianie wymagań fachowych i sanitarnych, wydaną w oparciu o rozporządzenie Ministra Zdrowia;
11. zezwolenie Inspektora Sanitarnego na uruchomienie pracowni rtg i stosowanie aparatu rtg, mammografu, tomokomputera, rezonansu magnetycznego;
12. umowa na świadczenie usług w zakresie: badań diagnostycznych, transportu medycznego, sterylizacji sprzętu i in. dot. udzielania świadczeń zdrowotnych.